Office 365: Office 365 + ADFS 2.0 が 複数UPN をサポート

気づかぬうちにサポートしてたんですね。

3. シングル サインオン用ドメインを追加または変換して、信頼関係をセットアップする http://onlinehelp.microsoft.com/ja-jp/office365-enterprises/ff652560.aspx

Active Directory に複数の UPN サフィックスがある場合、New-MsolFederatedDomain –DomainName <ドメイン> コマンドレットで複数ドメイン スイッチを使用します。